ふるさと納税と医療費控除は併用できる？住民税にいつ反映されるかの確かめ方
ふるさと納税と医療費控除は併用できます。ただし医療費控除を受けるには確定申告が必要で、確定申告をするとワンストップ特例の申請はなかったものになるため、その年の寄付も全部、確定申告書に書きます。また、医療費控除があると住民税の所得割が減るので、ふるさと納税の上限は少し下がります（年収500万円・独身で医療費控除10万円なら、上限の目安は57,000円→55,000円）。控除は、所得税の分が申告後の還付で、住民税の分が寄付した翌年の6月からの住民税の減額で反映され、勤務先から届く住民税の決定通知書で確かめられます。総務省・国税庁の資料と、政令市の案内で確かめてまとめました。
📑 この記事でわかること
結論：併用できる。ただし確定申告で両方を申告
| 気になること | 答え |
|---|---|
| 併用できる？ | できる。同じ確定申告書で、医療費控除と寄付金控除（ふるさと納税）の両方を申告する |
| ワンストップ特例は？ | 使えない。申請書を出していても、確定申告をするとなかったものになる |
| 上限は変わる？ | 少し下がる。医療費控除10万円で約2,400〜3,000円が目安（下で計算） |
| いつ反映される？ | 所得税は申告後の還付、住民税は寄付した翌年の6月からの減額 |
| どこで確かめる？ | 住民税の決定通知書の「摘要」欄と、所得控除の「医療費」の欄 |
控除の合計の考え方は、ワンストップ特例でも確定申告でも同じです。上限の範囲内なら、総務省の計算式では「所得税からの控除」「住民税の基本分」「住民税の特例分」を合わせて寄付額から2,000円を引いた額が控除されます。違うのは受け取り方で、確定申告をすると所得税の分はその年の所得税から還付され、住民税の分は翌年度の住民税から引かれます。ワンストップ特例の場合は、所得税の分も含めて全額が翌年度の住民税から引かれます（総務省「税金の控除について」「よくある質問」Q6）。
ワンストップ特例は使えない・申告書の書き方の要点
国税庁は、医療費控除や雑損控除を受けるなどのために確定申告をする人は、ふるさと納税の金額を寄付金控除の計算に含めて確定申告をする必要がある、と案内しています。確定申告をすると、ワンストップ特例の申請は無効になるため、申請をした分も含めて計算します（国税庁 No.1155）。横浜市の案内でも、寄付した年分の確定申告書を出した人は、申請書を出していてもワンストップ特例の申請はなかったものとみなされる、としています。申請書を出したかどうかに関係なく、その年のふるさと納税は全部、申告書に書くと覚えておけば迷いません。ワンストップ特例が使える人・使えない人の見分け方はワンストップ申請書の書き方と確定申告が必要な人にまとめています。
確定申告書の書き方の要点
- 寄付の書く場所：確定申告書第二表の「寄附金控除に関する事項」に寄付先の名前と金額を書き、「住民税に関する事項」の「都道府県、市区町村への寄附（特例控除対象）」欄にもふるさと納税の金額を書きます。所得税の確定申告書は住民税の申告書も兼ねているので、この欄が空いていると住民税で控除されないことがあります（国税庁 No.1155）。
- 医療費の書類：医療費の領収書から「医療費控除の明細書」を作って申告書に添付します。健康保険から届く医療費通知を添付すると、明細書の記載を簡単にできます。領収書は、確定申告期限などから5年間、提示や提出を求められることがあるので保管しておきます（国税庁 No.1120）。
- 寄付の書類：寄付先の自治体が発行する寄附の証明書・受領書が必要です（総務省「税金の控除について」）。ふるさと納税は、国税庁長官が指定した特定事業者が発行する、1年間の寄付額が書かれた「寄附金控除に関する証明書」でも代えられます（国税庁 No.1150）。
- 入力の手間を減らす：国税庁の確定申告書等作成コーナーでは、マイナポータル連携を使うと、医療費通知情報や寄附金受領証明書などのデータを取り込んで、該当する項目に自動で入力できます（国税庁 確定申告特集）。
- 期限：ふるさと納税の控除を受ける確定申告は、原則として寄付した翌年の3月15日までです（総務省）。2026年の寄付と医療費なら2027年3月15日（月）まで。所得税が戻るだけの還付申告は、翌年の1月1日から出せます（国税庁 No.2030）。
市販薬の購入費でセルフメディケーション税制（医療費控除の特例）を使う場合も、通常の医療費控除との選択で、明細書を確定申告書に添付して申告します（国税庁 No.1120）。確定申告をする点は同じなので、ふるさと納税の寄付も全部書きます。医療費控除の手順そのものは医療費控除のやり方、会社員の確定申告の基本は確定申告が必要な人・やり方で説明しています。
医療費控除があると上限が少し下がる（数値例）
ふるさと納税で自己負担2,000円のまま控除される額には上限があります。総務省の計算式では、住民税の特例分は住民税の所得割額の2割までです。当サイトのふるさと納税 上限額シミュレーターも、この式から上限を出しています。
上限 ＝ 住民税の所得割額 × 20% ÷（90% − 所得税の税率 × 1.021）＋ 2,000円
90%は「100% − 住民税の基本分10%」。所得税の税率は、総務省の説明どおり、住民税の課税総所得金額から人的控除差調整額を引いた金額で決まる税率です。
医療費控除は所得税だけでなく住民税でも所得から差し引かれるので、住民税の課税所得が減り、所得割額は医療費控除の額の約10%減ります。所得割額が減れば、上の式の「所得割額×20%」も減るので、上限が下がります。総務省も、上限は収入やほかの控除などの状況によって変わるとしています（よくある質問Q5）。
下がる額の目安は、医療費控除の額 × 10% × 20% ÷（90% − 所得税の税率 × 1.021）です。医療費控除10万円・所得税の税率5%なら、10,000円 × 20% ÷ 84.895% ≒ 2,356円。税率10%なら約2,507円、20%なら約2,874円、23%なら約3,007円です。
数値例：年収別・独身の場合
| 年収（独身） | 医療費控除なし | 医療費控除10万円 |
|---|---|---|
| 400万円 | 42,000円 | 39,000円 |
| 500万円 | 57,000円 | 55,000円 |
| 600万円 | 77,000円 | 74,000円 |
| 800万円 | 129,000円 | 126,000円 |
2026年中の寄付（所得税は令和8年分・住民税は令和9年度分）。給与収入のみ・社会保険料は年収の15%と仮定し、ほかの所得控除と税額控除はなし。当サイトの上限額シミュレーターと同じ式・同じ前提で、医療費控除の額だけを所得税・住民税の両方の所得控除に足して計算しました。表示は1,000円未満を切り捨てています（年収500万円の例は、計算上57,480円→55,124円）。
所得税の税率の境目をまたぐと、もっと下がります。たとえば年収700万円・独身で医療費控除が20万円の場合、同じ前提では所得税の課税所得が330万円を下回って税率が20%から10%に下がり、上限の目安は108,000円→89,000円になります。税率が下がると、式の割り算の「90% − 所得税の税率 × 1.021」が大きくなるためです。境目に近い人は、余裕を持って寄付額を決めましょう。
医療費控除で戻る額と比べると
年収500万円・独身で、1年間の医療費が20万円（保険などで補てんされる額はなし）なら、医療費控除は20万円 − 10万円 ＝ 10万円です。当サイトの医療費控除シミュレーターと同じ前提で計算すると、所得税が5,100円戻り、住民税が10,000円軽くなり、合わせて15,100円です。上限が下がるのは、上限いっぱいまで寄付する場合の話で、医療費控除で軽くなる税金のほうが大きくなります。上限を超えて寄付した分は自己負担になるので、医療費控除がありそうな年は、上限シミュレーターの結果より少し低めを目安にしてください（上限シミュレーターは医療費控除がない前提で計算しています）。医療費の金額は年末まで決まらないので、年末の寄付ほど注意が必要です。
いつ反映される？所得税と住民税の時期
2026年中に寄付をして、医療費も払った会社員の場合の流れです。
| 時期 | 起きること | 手元で確かめるもの |
|---|---|---|
| 2026年1〜12月 | 寄付と医療費の支払い（1〜12月の分が対象） | 受領証明書・医療費の領収書 |
| 2027年1月〜3月15日（月） | 確定申告（医療費控除と寄付金控除を一緒に） | 申告書の控え |
| 申告から約3週間（e-Tax）、1か月〜1か月半（2〜3月の書面） | 所得税の還付（医療費控除とふるさと納税の分を合わせて） | 口座への入金 |
| 2027年5月下旬〜6月ごろ | 住民税の決定通知書が届く（会社員は勤務先から） | 摘要欄・医療費の欄 |
| 2027年6月〜2028年5月 | 減った住民税が12回に分けて給与から引かれる | 給与明細の住民税 |
- 所得税の還付：国税庁は、2〜3月の確定申告期は還付の手続きにおおむね1か月から1か月半ほどかかり、自宅などからe-Taxで出した還付申告は3週間程度で処理している、と案内しています（国税庁「税金の還付」Q41）。書類に不備があるときなどは、この目安より遅れます。
- 住民税の減額：確定申告をすると、住民税の分は寄付した翌年度の住民税から引かれます（総務省）。給与から天引きされる人の住民税は、通常6月から翌年5月の12回に分けて引かれます（神戸市の案内）。横浜市の案内では、天引きの人の通知書は例年5月下旬ごろに勤務先へ送られ、勤務先から本人に配られます。自分で納める人の通知書は例年6月上旬ごろに自宅へ届きます。
- 申告が遅れたとき：神戸市の令和8年度分の通知書の見方では、令和8年3月17日以降に確定申告などをした人には、後日、申告内容を反映した税額変更通知書を送る場合がある、としています。6月の通知に反映させたいなら、期限の3月15日までに出しましょう。
住民税のしくみや払い方は住民税はいくら？で説明しています。
住民税の決定通知書で控除を確かめる
給与から住民税が引かれている会社員に届くのは、「給与所得等に係る市民税・県民税・森林環境税 特別徴収税額の決定（変更）通知書（納税義務者用）」です。横浜市は、この通知書を地方税法で定められた全国共通の様式と説明しています。神戸市・千葉市の案内をもとに、見る欄をまとめると次のとおりです。
| 見る欄 | 載っているもの | この記事の例の目安 |
|---|---|---|
| 所得控除の「医療費」 | 住民税で差し引かれた医療費控除の額 | 100,000円 |
| 摘要 | 寄附金税額控除額（市民税・県民税それぞれ） | 合計 約45,550円 |
| 税額控除額 | 寄附金税額控除・調整控除などの合計 | 寄付以外の控除も含む |
| 所得割額 | 税額控除を引いたあとの所得割 | 前の年と比べてみる |
神戸市の案内では、摘要欄の寄付の控除は「寄附金税額控除額」「ふるさと特例控除額」「ワンストップ特例控除額」などの形で、市と県に分けて書かれます。千葉市も、寄付金控除（ふるさと納税など）の額は摘要欄に載り、住民税の年税額（所得割）から引かれていて還付されるものではない、と説明しています。書き方は自治体で少し違うので、通知書の裏面の説明や住んでいる市区町村の説明もあわせて見てください。
確定申告をした人は「寄付額−2,000円」より少なく載る
上の例（年収500万円・独身・医療費控除10万円）で、50,000円を寄付した場合を総務省の計算式で見てみます。所得税の税率は5%（復興特別所得税を含めて5.105%）なので、控除は次のように分かれます。
- 所得税から（還付）：48,000円 × 5.105% ≒ 約2,450円
- 住民税の基本分：48,000円 × 10% ＝ 4,800円
- 住民税の特例分：48,000円 × 84.895% ≒ 約40,750円（所得割額の2割＝約45,100円の範囲内）
合計は48,000円（寄付額−2,000円）ですが、住民税の通知書に載るのは基本分と特例分の約45,550円だけです。神戸市も、通知書の控除額が合わないときは、①自己負担の2,000円を引いているか、②上限を超えていないか、③所得税の分を足しているか、を確かめるよう案内しています。実際の額は、市と県に分けた計算や端数の処理で少しずれます。
摘要欄に寄付の控除が見当たらないときは、確定申告書の控えで、第二表の「住民税に関する事項」の寄附（特例控除対象）欄に金額を書いたかを見直してください。書き漏れがあると住民税で控除されないことがあります（国税庁 No.1155）。直し方は、住んでいる市区町村の住民税の担当に相談しましょう。神戸市は、マイナポータルの「わたしの情報」から住民税の情報を確かめる方法も案内しています。
上限と戻る額の目安を計算する
まずは医療費控除がない前提の上限を出し、医療費控除がありそうなら、上の目安のぶん少し低めに見ておくと安心です。医療費控除でいくら戻るかは、医療費控除シミュレーターで計算できます（上限のしくみは上限額はどう決まる？）。
寄付先を選ぶ
どの寄付サイトを使っても、税金の控除のしくみは同じです。医療費控除と一緒に確定申告をする場合に必要なのは、寄付先の自治体の受領証明書など、寄付の証明になる書類です。寄付したい自治体や返礼品が載っているサイト、使い慣れたサイトで選べば十分です。
「PR」＝広告（アフィリエイトプログラム）を含みます。寄付の手続き・金額・返礼品の発送は各サイトと自治体が行い、当サイトは関与しません。
よくある質問
Q. ワンストップ特例の申請書をもう出してしまいました。医療費控除の確定申告をしても大丈夫ですか？
大丈夫です。確定申告をすると、その年のワンストップ特例の申請はなかったものとして扱われます。申請書を出した自治体の分も含めて、その年のふるさと納税をすべて確定申告書に書けば、寄付金の控除を受けられます（国税庁 No.1155）。
Q. 医療費控除をすると、ふるさと納税の上限はどれくらい下がりますか？
医療費控除の額の10%ほど住民税の所得割が減り、上限はその20%を「90%−所得税の税率×1.021」で割った額だけ下がります。医療費控除10万円で、所得税の税率が5〜23%の人なら約2,400〜3,000円が目安です。所得税の税率の境目をまたぐと、もっと大きく下がることがあります。
Q. 住民税の決定通知書はいつ届きますか？どこを見ればいいですか？
給与から住民税が引かれている人は、例年5月下旬から6月ごろに勤務先から配られます。神戸市・千葉市の案内では、ふるさと納税の控除額（寄附金税額控除額）は通知書の「摘要」欄に載ります。医療費控除の額は所得控除の「医療費」の欄で確かめられます。
Q. 通知書の控除額が「寄付額−2,000円」より少ないのですが、間違いですか？
確定申告をした人は、控除の一部が所得税の還付になるため、住民税の通知書に載る額は「寄付額−2,000円」より少なくなります。所得税の分を足して確かめてください。それでも合わない場合は、上限を超えて寄付していないか、確定申告書の書き漏れがないかを見直し、住んでいる市区町村の住民税の担当に確認してください。
Q. 3月15日を過ぎてから確定申告をしたら、住民税はどうなりますか？
所得税の還付申告は寄付した翌年の1月1日から5年間出せます（国税庁 No.2030）。ただし、ふるさと納税の控除は原則として翌年3月15日までの確定申告で受けるものとされています（総務省）。申告が遅れると6月の通知に間に合わず、あとから税額の変更通知が届く場合があります（神戸市の案内）。
まとめ
- ふるさと納税と医療費控除は併用できる。ただしワンストップ特例は使えず、確定申告で両方を申告する
- 寄付は全部申告書に書く。第二表の「住民税に関する事項」の寄附（特例控除対象）欄も忘れずに
- 医療費控除があると上限は少し下がる（10万円で約2,400〜3,000円・税率の境目ではもっと）
- 所得税は申告後に還付（e-Taxで約3週間が目安）、住民税は2027年6月からの天引きが減る
- 確かめるのは住民税の決定通知書の「摘要」欄と「医療費」の欄。確定申告をした人は、所得税の分を足して「寄付額−2,000円」と比べる
出典・参考
- 総務省「ふるさと納税のしくみ｜税金の控除について」（控除額の計算・特例分は所得割額の2割まで・確定申告は翌年3月15日まで）
- 総務省「ふるさと納税ポータル よくある質問」（Q5・Q6）
- 国税庁「No.1155 ふるさと納税（寄附金控除）」
- 国税庁「No.1120 医療費を支払ったとき（医療費控除）」
- 国税庁「No.1150 一定の寄附金を支払ったとき（寄附金控除）」
- 国税庁「No.2030 還付申告」
- 国税庁「確定申告に関するよくある質問【税金の還付】」（Q41 還付までの期間）
- 国税庁「ふるさと納税をされた方へ」・「医療費控除を受ける方へ」（令和7年分 確定申告特集・マイナポータル連携）
自治体の案内（例）
- 横浜市「寄附金税額控除（ふるさと納税）について」（通知書の様式・届く時期・ワンストップ特例がなかったものとみなされる場合）
- 神戸市FAQ「ふるさと納税の控除額はどこを見れば分かりますか。」・「ふるさと納税をした額と控除額が合わない…」
- 神戸市「住民税（市県民税）の納税方法・通知書の見方」（特別徴収税額の通知書の見方・マイナポータル）
- 千葉市「令和8年度 市民税・県民税・森林環境税 特別徴収のしおり」（寄附金控除の額は摘要欄）
情報更新日：2026年10月23日｜計算の根拠・参照元について|ツールの埋め込み。本記事は一般的な説明です。制度の内容は総務省のふるさと納税ポータル、国税庁のタックスアンサー・確定申告特集、横浜市・神戸市・千葉市の案内で確認した2026年10月23日時点のものです。数値例は当サイトのシミュレーターと同じ前提で計算した目安で、実際の上限・控除額は収入やほかの控除によって変わります。通知書の様式や記載のしかたは自治体によって異なることがあるため、住んでいる市区町村の最新の案内を確認してください。